Depois de um tempo achei uma maneira simples de adcionar um programa no gnome-do(Talvez não a maneira mais eficiente e sem bugs, mas ainda assim funciona):
Primeiro é uma boa criar a pasta ~/bin para manter todos seus executaveis(ou Links)
Depois altere seu ~/.bashrc para que o mesmo inclua o novo diretorio na sua PATH:
Vou incluir o eclipse como exemplo:
Agora faça:
Coloque o seguinte conteudo:
Salve(talvez seja preciso deslogar e logar) e você agora já verá a mesma no menu de aplicacoes do ubuntu, dentro de desenvolvimento.
Reinicie o Gnome-Do e agora ao escrever Eclipse ele ira mostrar e abrir o que foi configurado.
=D


Muito legal!
Adorei. Acho o Gnome do super útil e uso direto. Gostei muito da dica. Fiz aqui no meu \o